Das 1990 ausgewiesene Schutzgebiet dient als Laichplatz für junge Tarpons, Grätenfische und Schnapper, wobei die Stelzwurzeln einen dreidimensionalen Schutzraum für wirbellose Tiere schaffen, die das breitere Ökosystem der karibischen Riffe erhalten. Das Labyrinth aus Gezeitenkanälen des Reservats erreicht Tiefen von zwei bis acht Fuß und wird durch Brackwasser aus Binnenzuflüssen gespeist, das sich mit den Strömungen des Atlantiks vermischt, die das System zweimal täglich durchspülen.
Die Anbieter der St. Thomas Mangroven-Kajaktouren starten von der Mangrove Lagoon Marina im Estate Nadir, wo eine öffentliche Promenade den Blick auf das äußere Becken bietet. VI Eco Tours, der wichtigste zugelassene Konzessionär, führt Besucher seit 2003 durch das Schutzgebiet und begrenzt die Gruppengröße auf acht Paddler, um die Störung der nistenden Kolonien von Kanadareihern, Schmuckreihern und Braunpelikanen im Blätterdach zu minimieren. Die morgendlichen Expeditionen starten zwischen acht und zehn Uhr, wenn der Gezeitenstand es den Paddlern ermöglicht, in schmale Mangroventunnel einzufahren, die für motorisierte Boote zu flach sind. Guides zeigen Stelzwurzel-Austern, in sandigen Taschen pulsierende Qualle und junge Zitronenhaie, die unter den Kajaks im Wasser gleiten, das so klar ist, dass man ihre Schatten auf dem Kalksteinboden sehen kann.
Die St. Thomas Mangrove Lagoon Kajak- und Schnorcheltour auf den Amerikanischen Jungferninseln dauert zwei Stunden und kombiniert Kajak-Erkundung mit einem Schnorchelstopp bei Cas Cay, einer kleinen unbewohnten Insel innerhalb des Reservats, wo Hirschhornkorallenfragmente an Vulkangestein haften. Die Route führt durch Kanäle, die nach ihren Bewohnern benannt sind: Heron Alley, Tarpon Pass, Egret Bend. Rote-Mangroven-Wurzeln filtern Sedimente und absorbieren Wellenenergie – eine natürliche Wellenbrecher-Barriere, die den östlichen Ankerplatz des Hafens von St. Thomas vor Hurrikan-Wellen schützt. Forscher der University of the Virgin Islands messen hier die Kohlenstoffbindungsraten und stellten fest, dass Mangrovenboden pro Morgen viermal mehr Kohlenstoff speichert als tropischer Regenwald.
Der Landausflug Mangrove Lagoon Kajak- und Schnorcheltour auf St. Thomas zieht Kreuzfahrtpassagiere an, die einen halbtägigen Ausflug in die Tierwelt suchen, ohne die Insel zu verlassen. Das Schutzgebiet ist zu Fuß über die öffentliche Promenade frei zugänglich, wobei der Zugang mit dem Kajak eine kostenpflichtige Buchung bei einem lizenzierten Anbieter erfordert. Das Gebiet umfasst private Yachtliegeplätze und einen kleinen kommerziellen Yachthafen, aber in den inneren Kanälen sind motorisierte Schiffe verboten, um die akustische Ruhe zu bewahren. Bei Ebbe ragen Pneumatophoren – vertikale Atemwurzeln – wie eine Ansammlung von Schnorcheln aus dem Schlamm, ein Beweis für die Anpassung der Mangroven an sauerstoffarmen Untergrund.
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